Hij krijgt drie proeven van de drie Piraten Leiders die hij moet volbrengen om een piraat te worden. Hij moet een schat opgraven, een kostbaar beeld stelen en leren zwaardvechten. Ondertussen krijgt Guybrush echter een oogje op de vrouwelijke gouverneur van dit gebied: Elaine Marley. Als de ondode piraat LeChuck haar ontvoert zet Guybrush alles op alles om haar te redden. Hij gaat LeChuck achterna naar Monkey Island™ en komt daar vele bijzondere mensen tegen. Uiteindelijk komt hij oog in oog met de schurk LeChuck en beleeft hij het zwaarste gevecht in zijn leven.