In Darkness Within ben je Howard Loreid, een politie-detective uit het plaatje Wellsmouth. Je krijgt de opdracht toegewezen om de moord op Clark Field te onderzoeken. Loath Nolder, een gerespecteerde privé-detective die halverwege een zaak ineens verdween om vijf jaar lang om de wereld te reizen, is de hoofdverdachte. Na zijn terugkeer hervat hij zijn zaak weer maar wordt dus een moordverdachte. Uiteindelijk wordt hij opgepakt door de politie en belandt hij in een ziekenhuis. Hij ontsnapt echter en verdwijnt opnieuw.