Machinarium is een vreemde roestige, metaalachtige plek die alleen bevolkt wordt door robots. In het spel speel je een kleine robot die onterecht op de vuilnisbelt net buiten de stad terechtgekomen is. Nadat de robot zichzelf bij elkaar heeft geraapt gaat hij terug naar de stad waar hij de slechteriken van Black Cap Brotherhood tegenkomt. Ze bereiden een bomaanslag voor op de centrale toren waar de baas van de stad zijn verblijfsplaats heeft. Aan jou de taak om hem te stoppen en tevens je vriend robot-girl te redden.