Undercover: Operation Wintersun speelt zich af in de Tweede Wereldoorlog. De Britten krijgen een document in handen, waaruit blijkt dat de Duitsers werken aan een atoombom. Professor John Russell mag onder begeleiding van een geheim agent naar Berlijn om te zoeken naar de plannen van de bom. Daar ontdekken ze dat de Duitsers flink opgeschoten zijn en al een prototype hebben. De opdracht luidt dan ook als volgt: Krijg dit prototype in handen of maak het onschadelijk.