Secret Mission gaat over de Geheime Dienst. Het speelt zich af in het jaar 1952 en onze hoofdpersoon raakt meteen aan het begin in de problemen. Je speelt namelijk een dubbelspion en deze man krijgt meteen aan het begin van het spel een klap op zijn hoofd, waarna hij zich niks meer van zijn missie herinnert. Maar Natascha, zijn Russische baas, legt al snel uit wat de bedoeling is. Jij bent door de Amerikanen naar het kleine staatje Opalia gezonden om een coup te verijdelen op de koning. Onze hoofdpersoon Jeff 4 werkt echter voor de Russen en moet alleen doen alsof hij de coup wil verijdelen. Je echte klus is namelijk het verkrijgen van enkele belangrijke documenten uit het paleis.