Het verhaal gaat als volgt: De slimme Bernard die we nog kennen van Maniac Mansion krijgt een wanhopige brief van de tentakel Groen. Hij vertelt dat Paars heeft gedronken van zwaar vergiftigd en met radioactief afval bevuild water en hierdoor wat vreemde trekjes heeft gekregen. Een daarvan is dat hij het plan heeft gekregen om de wereld te veroveren. Daarbij is ook Dr. Fred weer terug en hij heeft plannen om beide tentakels te vernietigen.

Bernard gaat samen met zijn twee kamergenoten Laverne en Hoagie op avontuur om dit onheil af te wenden. Om dit te doen willen ze naar het verleden reizen met een tijdmachine van Dr. Fred, maar helaas werken de tijdmachine niet zoals ze gehoopt hadden. Nu is Laverne belandt in het jaar 2193 en Hoagie in 1793. Via een toilet kun je elkaar dingen toesturen, zodat je goed moet samenwerken om met zijn drieen de puzzles op te lossen en dit spel af te ronden.