Al vele generaties zijn de afstammelingen van Seth, de held van Atlantis 1, de bewaarders van een groot geheim. Een geheim dat ze zelf nooit helemaal hebben kunnen bevatten.

Een jongeman genaamd Ten, een afstammeling van Seth, heeft een vreemd gevoel van binnen dat hem zegt een arend te volgen, diep in de Tibetaanse bergen. Ten besluit zijn gevoel te volgen en gaat op weg. In de bergen vindt hij een vreemd voertuig en een zwevende Shaman. Die man beweert niemand minder dan de Bewaarder van het Kristal te zijn. Deze legt Ten uit wat de redenen zijn van zijn aanwezigheid.

Hij vertelt over een grote Kracht die ooit uit het heelal op aarde is neergeland en hoe het in tweeën werd gesplitst. Het goede en het kwade; Light en Dark. Hij vertelt Ten dat hij, als afstammeling van Seth, een Drager van het Goede is en dat hij naar het Slechte moet gaan om hiermee te worden herenigd. Het Slechte heeft zich verstopt in Shambhala. Hier begint Atlantis 2.

Voor Ten naar Shambhala kan gaan, moet hij op zoek naar zes stukken van de Weg. Hij heeft er drie, en elk van de stukken leidt naar ander stuk. Om deze te vinden moet Ten opdrachten uitvoeren in Ierland, Centraal Amerika en China.