Sludge hoopte met de Star Generator het heelal aan zijn wil te onderwerpen, maar Roger dwarsboomde zijn plannen. Daarom wil de biomechanische dikzak dat Roger vanaf de eerste rij getuige is van zijn nieuwe meesterplan. Vohaul heeft namelijk genetisch gemanipuleerde levensverzekeringagenten gekloond en zal daarmee het universum overspoelen. De mensheid ziet een lot tegemoet dat nog 1000 keer gruwelijker is dan een zekere dood. Vohaul wil er zeker van zijn dat Roger hem dit keer niet voor de voeten loopt, daarom stuurt hij de onfortuinelijke schoonmaker naar zijn mijnencomplex op de planeet Labion. Daar moet je zien te ontsnappen en voor de tweede keer ligt het lot van het universum opnieuw in jouw handen!

Verken een hele nieuwe wereld met de meest bizarre creaturen en ga naar het Fort van Vohaul voor de finale confrontatie! Nog steeds in 16 kleuren met tekst input, maar het spel zelf is uitgebreider dan deel 1. Na dit avontuur kun je trouwens the Lost Chapter spelen. Dat werd gemaakt door een ijverige SpaceQuest fan en vindt plaats tussen SQ 2 en 3.