Het is zes jaar na de laatste ontmoeting tussen de twee hoofdpersonen van de spellen, George en Nico. George behandelt patenten in Idaho, terwijl Nico nog steeds op haar journalistieke doorbraak wacht in Parijs. Als George een trip maakt met een Australische vriend naar Congo, voor een bezoek aan een uitvinder crasht zijn vliegtuig en zijn zij nu beland op een Congolese klif. Daar hoort George mensen praten en daarna pistoolschoten. Hij komt erachter dat de dode man de uitvinder was waar hij naar op weg was.

Nico is op weg naar een computerhacker die haar zou vertellen ove het einde van de wereld. Als ze aankomt hoort ook zij schoten en blijkt dat ook de hacker is vermoord. Hier begint het nieuwe avontuur van de twee dat hen door Congo, Parijs, Praag, en Glastonbury leidt. Ze stuiten hierbij op een enorm gevaar dat de mensheid bedreigt, het "Voynich Manuscript" dat het geheim bevat van de Slapende Draak....